Die Schlacht um die Erde beginnt. Mit dem Einsatz der Ionenkannone schien die Bruderschaft von Nod besiegt, doch Gerüchte über die Rückkehr von Kane machen die Runde und seltsame Aktivitäten ehemaliger Nod-Anhänger lassen nichts Gutes befürchten. Die GDI entsedet einen Trupp Soldaten zur Informationsbeschaffung, doch was als einfache Aufklärungsmission beginnt, droht zur bisher größten Bedrohung für die zivilisierte Welt zu werden. Oder zu ihrer entgültigen Erlösung...